明治時代になり、日本鉄道会社による鉄道開設が始まった。東北線は、明治２０年（１８８７）７月に黒磯―白河間が開通し、同２４年（１８９１）９月に黒田原駅が現在の那須町役場前に開業した。現在の相生町１や本町１の北側の地域のほとんどが駅構内であり、この時期に芦野をはじめ多くの人々が移り住み、薪炭業、運送業などを開業し、駅前には集落ができた。

しかし大正４年（１９１５）４月に、急勾配であり曲線が多いという理由から黒磯―白河間の路線変更工事が行われ、同９年（１９２０）には黒田原駅が開設し、その後昭和に入って、若干移転し現在の地へ移転した。現在の駅舎は昭和１５年（１９４０）に建てられたもので、その後、増改築が行われたようだが、詳細は不明である。

なお、旧黒田原駅舎は、明治２４年から大正９年までの約３０年間を駅舎として人々の荷物や乗り降りを見守り、駅の移転によりその役割を終えた後は、払い下げになり煙草専売所の事務所や住宅として利用されてきた。その後、昭和５０年代には町の第２民俗資料館として再生したが、老朽化が進み、平成１２年３月解体された。現在は屋根瓦と写真が残るのみである。